ഒരു വർഷത്തിന് മുൻപാണ് സിബിഐ കോടതിയിൽ കേസിന്റെ വിചാരണ ആരംഭിച്ചത്. 49 സാക്ഷികളെ വിസ്തരിച്ചു. ഇതിൽ എട്ട് നിർണായക സാക്ഷികൾ കൂറുമാറി. 1992 മാർച്ച് 27നാണ് കോട്ടയം പയസ്സ് ടെൻത് കോൺവെന്റിലെ അന്തേവാസിയായ സിസ്റ്റർ അഭയയുടെ മൃതദേഹം കോൺവെന്റിലെ കിണറ്റിൽ കാണപ്പെട്ടത്. ആദ്യം ലോക്കൽ പൊലീസും പിന്നീട് ക്രൈംബ്രാഞ്ചും കേസന്വേഷിച്ചെങ്കിലും ആത്മഹത്യയെന്ന നിഗമനത്തിൽ എത്തുകയായിരുന്നു. സിബിഐ അന്വേഷണം തുടങ്ങി 15 വർഷത്തിനുശേഷമാണ് കൊലപാതകമാണെന്ന് കണ്ടെത്തിയത്.
ഫാദർ തോമസ് എം കോട്ടൂർ, സിസ്റ്റർ സെഫി എന്നിവരാണ് കേസിൽ യഥാക്രമം ഒന്നും മൂന്നും പ്രതികൾ. ദൃക്സാക്ഷികൾ ഇല്ലാതിരുന്ന കേസിൽ സാഹചര്യത്തെളിവുകളും ശാസ്ത്രീയ തെളിവുകളുമാണ് സിബിഐ ആശ്രയിച്ചത്. മോഷ്ടാവായിരുന്ന അടയ്ക്കാ രാജുവിന്റെ മൊഴിയും പൊതുപ്രവർത്തകനായ കളർകോട് വേണുഗോപാലിന്റെ മൊഴിയും പ്രോസിക്യൂഷന് സഹായകരമായിരുന്നു. പ്രത്യേക സിബിഐ കോടതി ജഡ്ജി കെ സനിൽകുമാറാണ് കേസ് പരിഗണിച്ചത്. പ്രോസിക്യൂഷനുവേണ്ടി സിബിഐ പ്രോസിക്യൂട്ടർ എം. നവാസാണ് ഹാജരായിരുന്നത്.
